Kota Yogyakarta terletak pada posisi yang sangat strategis yaitu sebagai pusat pemerintahan di Daerah Istimewa Yogyakarta dan berada ditengah-tengah 4 (empat) Kabupaten lainnya yaitu Bantul, Sleman, Kulon Progo dan Gunung Kidul. Selain itu juga terletak pada simpul strategis kota-kota di Jawa Tengah bagian selatan yaitu Solo ke arah timur, Magelang ke arah Utara serta Purworejo, Purwokerto dan Cilacap ke arah Barat, kemudian juga perlintasan Jawa bagian selatan yang menghubungkan Jawa Timur dan Jawa Barat.

Dilihat dari sudut pandang sosial, ekonomi dan budaya, posisi ini cukup strategis untuk mengembangkan peran sebagai pusat pelayanan jasa, tetapi disisi lain juga harus memperkuat daya saing untuk dapat mempertahankan dan memperkuat posisi tersebut..

Luas kota Yogyakarta secara administratif adalah 32,5 km² 1,025% dari luas wilayah Propinsi DIY dan secara garis besar merupakan dataran rendah dimana dari barat ke timur relatif datar dan dari utara ke selatan memiliki kemiringan ± 1 derajat.  Secara administratif, Kota Yogyakarta terbagi atas 14 kecamatan. Kecamatan terluas adalah Kecamatan Umbulharjo dengan luas wilayah sekitar 812 hektar dan kecamatan dengan wilayah terkecil adalah Kecamatan Pakualaman dengan luas wilayah sekitar 63 hektar.

Di Kota Yogyakarta terdapat 3 (tiga) sungai yang membelah wilayah kota dan sangat dekat dengan permukiman warga, yaitu :

• Sungai Gajah Wong di sebelah Timur.
• Sungai Code di bagian Tengah.
• Sungai Winongo di bagian Barat.