Kota Yogyakarta dikenal sebagai ibukota Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta yang menyandarkan perekonomiannya kepada sektor-sektor sekunder dan tersier seperti industri pengolahan, perdagangan, hotel, restoran, transportasi, telekomunikasi, keuangan, sewa, jasa perusahaan dan jasa-jasa. Hal ini terlihat dari struktur PDRB Kota Yogyakarta selama kurun waktu 10 tahun terakhir yang tergambar dalam grafik di bawah ini. Grafik dibawah ini diolah berdasarkan PDRB Kota Yogyakarta Atas Dasar Harga Konstan Tahun 2000.

Seiring dengan pesatnya perkembangan Kota Yogyakarta, perubahan struktur perekonomian menjadi hal yang alami. Beberapa sektor ekonomi terus meningkat kontribusinya terhadap output perekonomian daerah dan sektor-sektor lain terlihat mengalami penurunan kontribusi terhadap output perekonomian daerah. Sektor Perdagangan, Hotel dan Restoran, Sektor Bangunan, dan Sektor Transportasi dan Telekomunikasi merupakan sektor-sektor yang secara riil mengalami peningkatan kontribusi. Kontribusi ketiga sektor ini terhadap ouput perekonomian Kota Yogyakarta pada tahun 2013 adalah 54,17% atau meningkat dibandingkan tahun 2009 yang sebesar 53,48%. Sektor Industri Pengolahan, Sektor Jasa-Jasa, Sektor Listrik, Gas dan Air Bersih serta Sektor Keuangan, Sewa dan Jasa Perusahaan, secara riil, justru cenderung mengalami penurunan kontribusi terhadap output perekonomian Kota Yogyakarta. Keempat sektor itu menyumbang 45,55% output Kota Yogyakarta pada 2013, lebih rendah daripada kontribusinya pada tahun 2009 yang sebesar 46,33%.